あらゆる分野の超一流高校生を集め、未来の“希望”を育て上げるべく設立された「私立希望ヶ峰学園」。希望に満ちた学園生活が始まると思われた矢先に、主人公・苗木誠を含めた超高校級の生徒15人は学園に閉じ込められてしまう。

自らを学園長と称する「モノクマ」は、「学園から卒業したければ、仲間を殺さなくてはならない」と彼らに告げる。「モノクマ」とは？ そしてその真の目論見とは？真実の先にあるのは“希望”か“絶望”か。

今、コロシアイ学園生活の幕が上がる…

青い空、白い雲…煌めく海、広がる砂浜。リゾート地として有名な南の島・ジャバウォック島に修学旅行で訪れた希望ヶ峰学園の生徒達だったが、学園長の悪だくみによって島に閉じ込められてしまう。島の脱出を条件に、生徒達はコロシアイ、そして犯人を探し出す学級裁判を強いられる。

渦巻く疑心。見えない狂気。極限状態のなか、ふたたび学級裁判が始まる。

この世界には、政府が実施する特別な奨励制度『ギフテッド制度』に認定され“超高校級”の称号を与えられた学生たちがいる。才能を認められ将来を嘱望された彼らには、政府からさまざまな特権が与えられている。

超高校級の才能を持つ学生は全国に散らばっており、一堂に会することはなかったが、ある日、16人の超高校級が『才囚学園』に監禁されてしまう。

才囚学園は学園長を自称する謎のぬいぐるみ『モノクマ』と、その子どもたち『モノクマーズ』が支配する学園。モノクマ曰く、この学園は才能あふれる高校生たちに、コロシアイの1番を競い合わせる場なのだという。

学園は巨大な壁に囲まれており、脱出することは不可能。この場から抜け出すためには、モノクマの言うとおり、コロシアイをするしかなかった——

コロシアイを止めるため、誰かを守るため、“嘘”で“真実”を撃ち抜く学級裁判が幕を開ける。