コロシアイに参加する16人の“超高校級の生徒”のためにつくられた学園。
教室や廊下には草木が生い茂り、学園内にはさまざまな施設が存在する。

政府が実施している特別な奨励制度“ギフテッド制度”。
国家的に天才を育成するために設立された制度で、将来有望と見込まれた生徒は奨励金や選挙権・被選挙権といった、さまざまな特権が与えられる。
この“ギフテッド制度”に選ばれた生徒が“超高校級”と呼ばれている。

学園には厳しい校則があり、校則違反を犯した生徒は高機動人型殺人兵器“エグイサル”によって処分されてしまう。
エグイサルは機体カラーの異なる五機が存在し、それぞれにモノクマーズが搭乗している。

-才囚学園校則-

• 1. 才囚学園での共同生活に期限はありません。
• 2. 学園内で殺人が起きた場合、全員参加による学級裁判が行われます。
• 3. 学級裁判で正しいクロが指摘できれば、殺人を犯したクロだけがおしおきされます。
• 4. 学級裁判で正しいクロを指摘できなかった場合は、クロ以外の生徒であるシロが全員おしおきされます。
• 5. クロが勝利した場合は才囚学園から卒業し、外の世界に出ることができます。
• 6. シロが勝ち続けた場合は、最後の２人になった時点でコロシアイは終了です。
• 7. 夜10時から朝8時までの“夜時間”は、食堂と体育館が封鎖されます。
• 8. 才囚学園の学園長であるモノクマへの暴力は固く禁じられています。
• 9. モノクマが殺人に関与する事はありません。
• 10. モノパッドは貴重品なので壊さないでください。
• 11. “死体発見アナウンス”は３人以上の生徒が死体を発見すると流れます。
• 12. 才囚学園について調べるのは自由です。行動に制限は課せられません。
• 13. 校則違反を犯した生徒はエグイサルによって処分されます。
• 14. なお、学園長の都合により校則は順次増えていく場合があります。

物語は章仕立てで構成され、各章で起こる殺人事件の犯人（クロ）を見つけ出すことで次の章に展開していく。

学園内での生徒たちの生活が描かれるパート。
生徒たちが学園からの脱出を計画したり、モノクマがコロシアイを促進するための「殺人の動機」を生徒たちに提示したりと、物語が大きく動くパートでもある。
また、（非）日常編には、ストーリー進行の合間に自由行動時間が設けられており、学園内を自由に歩き回って、他のキャラクターと交流することが可能。

殺人が発生し、死体が発見されると、非日常編（捜査パート）に突入する。
このパートでは事件現場の調査や、生徒への聞き込みなどを行い、事件解決に必要な証拠を収集する。

集めた証拠をもとに、クロを見つけ出すのが「学級裁判」。ここでは超高校級の才能をもった生徒たちがさまざまな観点から議論を行うが、中には誤った情報や憶測で発言をしている者も。
彼らの発言の矛盾を指摘し、事件の真相に辿り着くことが学級裁判の目的。
捜査パートで集めた証拠が、矛盾を論破するための「言弾（コトダマ）」となる。
画面に流れる発言の矛盾点に正しいコトダマを撃ち込むことで、議論を進めることができる。

学級裁判で疑問点などが出たときに生徒たちが議論を交わす「ノンストップ議論」。
ノンストップ議論では、生徒たちが次々と発言をし、議論が自動的に進行していく。
彼らの発言に含まれるウィークポイント（黄色にハイライトされた発言）に矛盾点を見つけ出し、捜査パートで集めた「言弾（コトダマ）」を撃ち込むことで議論を進めることができる。

他のキャラクターの発言に同意し、それを証明することによって議論が進展する場合も。
同意可能な発言（同意ポイント）は、通常のウィークポイントとは異なり青色にハイライトされて表示される。

画面左下に表示されたコトダマ「見張りに使った教室」が、ウソダマ「見張りに使われなかった教室」に変化。

ノンストップ議論中、コトダマ発射ボタンを長押しすると、コトダマが本来の意味とは異なる意味をもつ「ウソダマ」へと変化。
ウソダマをウィークポイントに撃ち込む事によって、あえて嘘をつき、矛盾していない発言をも論破できるようになる。

「パニック議論」では、議論が紛糾し各々が勝手に喋り出した状態の中から矛盾を指摘しなければならない。
基本システムは「ノンストップ議論」と同じだが、複数のキャラクターが同時に発言をしているため、文字・音声共に情報量が多く、矛盾点を見つけるのがより難しくなっている。

主人公の推理に対し他のキャラクターが反論してきた際に発生する「反論ショーダウン・真打」。
相手の反論を次々と斬っていくことで議論が発展し、発言に矛盾点が生まれる。
反論の矛盾点を適切な「言刃（コトノハ）」で斬り捨てることで、論破することができる。

ブロックに覆われたイラストを「発掘」し、質問の答えを見つけ出す。
ブロックは3色あり、同じ色が連なったブロックを選択することで、隣接した同色のブロックをまとめて消すことができる。
ブロックを消すと、隣接したブロックの色が変化するので、この法則をうまく利用してブロックを消し、背後にある答えを見つけ出そう。

ブロックが一つだけ残ってしまった場合は、ボタンを連打することで強引に消すことができるが、制限時間にペナルティを受けてしまう。

車を運転し、コース上に配置された文字を集めて事件に関する問題文を完成させる。
文章を完成させた後は、正しい解答を選ぶことでゲームが進行していく。

解答を掲げた女性のうち、正解を掲げた女性を助手席に乗せてドライブを続けよう。

画面を飛び交う文字の中から正しい文字を選択し、質問の解答を完成させる。
ただし、文字には影がかかっているので、時折差し込む光を頼りに文字を見極める必要がある。

集中力を消費している間は、画面の中央部を明るくすることができるので、流れてくる文字の判別が容易に。

「議論スクラム」は、学級裁判の参加者の意見が二つに割れてしまったときに発生する。
各陣営のキャラクターたちが、それぞれ異なる話題について発言するため、そのままではまったく議論がかみ合わない。
相手陣営のキャラクターが順番に発言をしていくなかで、発言の話題を見極め、自陣営の同じ話題を持つキャラクターに発言させることでお互いの話題をマッチさせていく。
相手側の発言が一巡する間に、すべての話題をマッチさせることが「議論スクラム」での主な目的となる。

議論スクラム中は、画面下部に両陣営のキャラクターが持つ「話題のキーワード」が表示される。
自陣営は初めからすべての「話題のキーワード」が判明しているのに対し、相手陣営はすべて隠されているため、
まずは相手の発言をよく読み、どのキャラクターがどの話題について話しているかを見極める必要がありる。

学級裁判で、逆上した相手は独自の理論で武装し、こちらの意見を聞き入れようとしなくなってしまう。そんな相手との1vs1の議論が「理論武装」。

理論武装では、相手の発言をリズムに合わせて撃ち落とすことにより武装にダメージを与えることができる。

本編とは別にお楽しみ要素も充実。クリア後に遊べる「超高校級の才能育成計画」「絶望のダンジョン　モノクマの試練」「カードDEATHマシーン」は、連動した遊びが可能になっている。

3年間の学園生活を通じてキャラクターを育成するボードゲーム。

さまざまなイベントや他の生徒との交流を経てキャラクターを成長させ、ゴールを目指すモード。
本モードで育て上げたキャラクターは、「絶望のダンジョン モノクマの試練」にて使用できる。“Ｖ３のキャラクターが希望ヶ峰学園に入学”というifの物語なので、『ダンガンロンパ』、『スーパーダンガンロンパ２』のキャラクターも総出演。
条件を満たすことで、1・2のキャラクターでのプレイも可能に。

青い「成長マス」に止まるとキャラクターがレベルアップ！
黄色の「才能マス」では「才能のカケラ」を入手でき、これを消費することでダンジョン攻略に役立つスキルの習得や強化ができる。
「絶望のダンジョン モノクマの試練」へ挑むキャラクターを育て上げることがこのモードの大きな目的のひとつ。

育成したキャラクターでダンジョン攻略。カードDEATHのための資金を獲得

「絶望のダンジョン モノクマの試練」は「超高校級の才能育成計画」で育てたキャラクターでダンジョンに挑むRPGモード。
ダンンジョン内で遭遇するさまざまなタイプのモノクマを倒して資金や素材を集めながら、全50階層に及ぶダンジョンの最深部を目指す。
モノクマを倒して手に入れた素材からは、武器や防具が生成できる。

ダンジョンには最大４人パーティーで挑むことができる。
このモードではキャラクターは成長しないため、「超高校級の才能育成計画」でどのようにキャラクターを育てるかがダンジョン攻略のカギ。

絶望のダンジョンで獲得した資金を使ってキャラクターをアンロック

「絶望のダンジョン　モノクマの試練」で手に入れた資金を投入し、カードを入手できるモード。
新たなカードを手に入れることで、「超高校級の育成計画」で使用可能なキャラクターがアンロックされていく。

カードには3段階のレア度が存在し、レア度が高いほど「超高校級の才能育成計画」での成長速度が早まる。
「モノクマの試練」でダンジョンの奥へ進むほどカードDEATHマシーンがランクアップし、レア度の高いカードが入手しやすくなる。

ゲーム内で手に入る「モノクマメダル」を投入して、さまざまなアイテムを手に入れることができる。
一度に投入するメダルが多いほどアイテムの重複率は下がる。
モノモノマシーンで手に入れたアイテムは、他の生徒との交流を深めるためにプレゼントすることが可能。
生徒との親密度を上げることで、その生徒の新たな一面を知ることができる。

「モノクマメダル」をカジノコインに交換して、カジノの定番「スロットマシン」と、モノクマになって鮭を捕まえる「SAKE NO TUKAMIDORI」が遊べる。
稼いだコインは、プレゼントアイテムやスキルに交換できる。